这场关于财政部和央行之间对国库管理权上是应该“代理”，还是“经理”的激辩已经有20多年。央行认为，经理国库可以对财政部门的权力形成制衡，从而监督财政资金的使用。财政部门则认为，央行对国库的决定权并不能形成有效监督，反而易引起资金使用低效率和低收益。
双方围绕该问题的认识难达成一致，博弈20多年终无果。在预算法二审、三审时，财政部积极的表态和争取工作，使得舆论一度认为预算法将重新划分国库的归属权，但预算法四审稿却扭转风头，维持了现行预算法对国库的所有条例。
根据预算法四审规定，在国库管理权上要维持现行预算法关于“央行经理国库”的表述，同时保留“国库的支配权属于各级财政部门”。表面看来，财政部此次提倡的“代理制落选”，央行仍然对国库具有经理权。然而落选背后，却是双方互不妥协的博弈。
一位财税系统的人说，对国库管理权的争议已经不是财政部和央行两个部门的事情，此次之所以出现维持原状的情况，更多是高层的介入和干预，否则难以平衡。
“其实四审中财政部和央行对国库经理权问题仍然还有争执，在分组讨论会上，双方还进行了激烈的争论，最终是全国人大常委会来调解的。”一位接近央行国库局的人士表示。
《中国经营报》记者获悉，今年9月初，在预算法四审稿通过之后，央行国库局曾组织学者和人大常委会委员对国库管理权问题进行讨论，重点还是财政部和央行对国库管理权问题的归属问题，在这个会议上，双方仍然是各执一词。
在双方争执不下的情况下，人大常委会委员只能亲自向财政部人士征求意见，最终做出了维持原有条例的结果。而这在外界看来，更像是平衡双方利益的一个结果。
中国政法大学财税法研究中心主任施正文认为，预算法修正案三审曾删除央行的国库经理权条文，但后来财税专家上书全国人大反映此问题，认为不应该剥夺央行的经理权。随后，不少委员也表达了支持央行经理国库的决议。
“全国人大内部规定，如果接近10个委员针对同一问题提出不同意见，相关意见就会汇报到全国人大委员长处，正常的情况下，到这个层面的话，全国人大会重新审视这些不同意见。”施正文补充说。
事实也正如施正文所说。在央行国库局组织的内部讨论上，认为不应该剥夺央行经理权的意见，在得到批复后，相关委员及时与财政部进行了沟通。几经讨论，认为财政资金使用的过程中出过不少问题，应加强监督，因此由央行经理国库的条文得以保留。
2012年6月预算法“二审”稿和2014年4月的“三审”稿，都删除了“央行经理国库”的条款，并新增一款“国库管理的具体办法由国务院规定”。这一修改意味着，央行在国库管理体制中的地位弱化，财政部为争取国库管理权所做出的努力可圈可点。
财政部财科所所长刘尚希在接受各个媒体采访时就表示，看管国家的“钱袋子”只能是财政管理范畴，人民银行只是受国家财政委托代理国库业务。国库管理属于财政管理，如果以制衡监督的名义，对国库管理设置两个责任主体，让其他部门参与，其结果就会低效。
然而真实的操作中，上述观点似乎并未影响到人大常委会的决定。“四审”又维持了1994年版预算法第四十八条第二款的表述，即“中央国库业务由中国人民银行经理，地方国库业务依照国务院有关法律法规办理”。
对此，有财税人士坦白说称，国库局在央行已属相对边缘化的部门，如果此次再由经理变成代理，部门职责更显得虚设，从平衡两部门职能的角度说，央行的经理权也会慎重考虑。“更重要的原因是当前环境下，财政部如果独揽财政“会计和出纳”的功能，易引起监守自盗和缺乏监督的现象，最后可能会引起腐败，由央行负责对财政资金来说，更多起到防火墙作用。”
虽然央行在此次国库管理权问题上最终维持了原有条例，但是新预算法对国库管理提出了新的要求，在此基础上，《国家金库条例》的修改也将提上日程，央行的监督功能任重道远。
据悉，从新中国成立到1985年的30多年里，预算收入的收纳、划分、留解和预算支出拨付等国库业务，一直实行委托代理制，即由财政部委托中国人民银行代理。1985年《中央金库条例》修改为《国家金库条例》时，将原规定中的“各级金库均由中国人民银行代理”修改为“中央国库业务由中国人民银行经理，地方国库业务依照国务院有关法律法规办理”。
从代理到经理，央行对国库的管理权极大的提升。不过在权力提升的同时，国库管理办法与当前新预算法任旧存在很多需要完善的地方。
记者了解到，在国库管理方面，与现行预算法相比较，新预算法加强完善了央行经理国库体制。比如，第一次明确规定“政府的全部收入应当上缴国家金库”。同时，对财政专户的设立做出了最严格的规范，并在“法律责任”部分对“违反本法规定开设财政专户的”明确实行责任追究。
10月8日，国务院发布了《关于深化预算管理制度改革的决定》，明确了预算管理制度改革的方向和措施。其中财政部相关负责人重点解读了对财政专户的管理以及建立单一国库制度的要求，同时重申目前国库暂时还不能完全替代财政专户。
中国社科院财经战略研究院研究员杨志勇认为，当前的国库管理条例在如何全面清理整顿财政专户，尽快建立健全国库单一账户制度，以及国库现金管理等方面都需要改进，这是改革的一个重点，未来要发挥央行的监督作用，一定要做好配套改革。
上述财税系统的人说，财政部在预算法二审和三审时对国库管理权表现得十分积极，更多原因是想建立一套全新的国库管理制度，但是四审稿出来后维持原来条例的规定，对财政部来说是一个不小的挫折，预计未来其对国库管理办法的修订会打折扣。“因为修订的很多项目都和财政部息息相关，如果国库归财政部管理，这种修订也顺理成章，但是现在央行经理，财政部的积极性势必会降低。”
施正文则建议，国库改革最重要的就是设立单一账户，一级政府只能有一个账户，这个账户必须设在央行，所有收入直达这一账户，并从该账户支出。“新预算法规定只要国务院批准就可以设立财政专户。如此一来，央行经理国库就变得形同虚设。”
数据显示，2011年以来，财政部连续3年组织并且开展清理整顿地方财政专户工作，累计撤并地方财政专户7.4万多个，撤户率达32.4%。下一步，按照国务院的要求，今后各地一律不得新设专项支出财政专户，除财政部审核并报国务院批准予以保留的专户外，其余专户在2年内逐步取消。这也代表着，2年内国库还不能完全取代财政专户，改革仍需长远布局。